親和層析主要依靠蛋白質與介質配體間特異性的可逆結合作用進行分離。配體可直接與目標蛋白質結合，也可以與蛋白質共價結合的標簽結合。親和層析通常是一種最粗放的純化過程，一般在純化工藝的前期應用，可將目標物質快速的從樣本中捕獲出來，基于后續應用的要求，可能只需要一步親和層析即可獲得純度合格的蛋白質。
檢查質粒序列或將標簽移到其他位置，標簽移到其它位置扔被包裹在結構內部時，就要將標簽暴露出來（如用尿素變性，但尿素變性性只有部分標簽蛋白可以和親和填料結合如His標簽蛋白和金屬螯合填料，但GST標簽和GST填料就不能在親和結合）
調整緩沖液，如金屬螯合介質和His標簽蛋白結合時pH應在7.3-8.5之間，在如肝素親和介質和DNA聚合酶結合時鹽濃度太高影響結合，應控制在50mM以下。層析柱沒平衡好，柱床體系中的環境如pH，離子強度也會影響結合，層析上樣前要充分的平衡層析柱。
親和介質分類，一類是特異性結合一種蛋白，另一類是特異性結合一類蛋白。如蛋白a介質結合一種蛋白，而肝素介質結合一類蛋白。所以選擇的時侯我們一定要了解其原理。
增加洗脫強度，比如his蛋白和鎳柱結合，可以增加取代基咪唑的濃度。
通過調整層析過程的緩沖液增加蛋白的穩定性，改善蛋白在層析柱上的狀態。聚集在層析柱上時就要對層析柱進行CIP清洗。
調整層析過程的流速，流速影響蛋白質和介質的親和力，層析時要選擇合適的流速。
上樣后，要對柱床進行充分的淋洗，將未和介質結合的留在介質顆粒間隙，孔內的蛋白洗出來，在洗脫。
優化體系緩沖液，比如加入10%的甘油等減少蛋白之間的非特異性結合。
優化緩沖液，減少層析過程的非特異性結合，如His蛋白用金屬螯合填料純化時，可以在緩沖液中加入300mM的氯化鈉，減少蛋白和介質的非特異性結合。
如肝素柱子洗脫過程中拉合適的鹽梯度可以提高特異性，His標簽蛋白和金屬螯合介質結合后，洗脫時拉咪唑梯度可以提高純度。
優化緩沖液使其利于蛋白質保持穩定。蛋白質在介質上的高密度下容易聚集可以添加一些蛋白的增溶劑等。
如一些酶類的活性需要金屬離子輔助其活性，在純化過程中就要添加蛋白的活性輔助因子。
